pihole'a sonradan eklediğiniz listeler tools/update gravity üzerinden güncellemeyecek büyük ihtimalle. web üzerinden girilen listeleri sisteme kayıt ederken root olarak kayıt ettiği için pihole okuyamıyor, sorun bu.
terminalden chown -R pihole:pihole /etc/pihole/listsCache
yaparsanız web arayüz üzerinden güncelleneceklerdir.